1942年8月14日下午，章亞若參加邱昌渭家晚宴，深夜回來時上吐下瀉，8月15日送至桂林醫院。當日死亡，終年29歲。[15]

蔣經國令副官王制剛葬章於桂林東郊七星區白面山鳳凰嶺，王制剛、桂昌德隨後護送二子到江西萬安，請章母撫養。[15]

章死因眾說紛紜：[3][18][19]

蔣經國部下、章亞若朋友王昇稱：患急性痢疾，找不到抗生素治療
章亞若朋友桂昌德稱：病死
蔣經國秘書徐君虎稱：產後虛弱，受感染而死
蔣經國秘書漆高儒稱：遭蔣經國部下黃中美擅自殺害
章亞若四妹章懋梅稱：被謀害，桂昌德有參與
章亞若兒子蔣孝嚴稱：遭黃中美以外的蔣經國部下擅自殺害
軍統局組長谷正文稱：蔣中正示意，陳立夫派人下毒