1998年3月，一則青少年同志自殺的新聞報導，讓幾位同志運動的參與者感到震驚與心痛，他們決定重拾過去的夢想，成立一個長期、固定的機構，專為弱勢同志服務，提供社群尋求認同與情感支持的管道。
於是由「同志助人者協會」、「Queer & Class」、「同志公民行動陣線」及「教師同盟」等4個團體攜手發起，聯合社會、校園許多熱心朋友們的共同參與，「同志諮詢熱線」在台北公館正式成立，並在同年6月開始提供同志朋友服務。
2000年6月9日，本會正式向內政部社會司立案，成為全台第一個全國性同志組織，全名為「社團法人台灣同志諮詢熱線協會」，並正式聘請本會第一位工作人員。
後因業務發展及房租到期，於91年10月將辦公室搬移至台北古亭，繼續提供同志多元服務，並逐步發展出「社群組織」、「同志人權」、「性別教育」、「愛滋防治」、「同志家庭」、「親密關係」、「老年同志」、「跨性別」等不同領域的重點工作。隨著時機成熟和在地能量的凝聚，97年「南部九六八小組」在高雄應運而生，象徵著同志運動已在南部紮根，在地發展，並於隔年成立「南部辦公室」，期許持續於南部地區發展在地化的同志社群工作。
時至今日，本會有9位專職人員，1位兼職人員，各司其職，帶領近三百位義工一起投入各項倡議行動與社會服務，期許能繼續秉持「同儕輔導」、「支持網絡」、「社區中心」等理念，透過多元化的工作方向，消除社會對同志的歧視與不平等對待。
